最小限のゲノム473個しか待たない細菌を人工的に作成することに成功 50
ストーリー by hylom
その先にあるものは 部門より
その先にあるものは 部門より
J・クレイグ・ヴェンター研究所などの研究者らが、人工的に細菌を作り出すことに成功したそうだ（AFPBB、Science誌掲載論文）。
今回作り出された細菌は473個の遺伝子を持ち、生命維持活動や自己複製能力を備えるという。ただ、遺伝子のうち機能を特定しているのは149個で、残りの遺伝子の機能については解明されていないという。
この研究では、ゲノムが非常に小さいという細菌の一種マイコプラズマをもとに、その遺伝子の一部を取り除いてくという作業を行ったという。そのプロセスでは、不必要だと思われた遺伝子が実際には必要なものだったと判明することが繰り返されたようだ。
必要であるにもかかわらず (スコア:5, おもしろおかしい)
機能は解明されていないってこと?
というコメントみたいだ。
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:3, おもしろおかしい)
そろそろ例のプロジェクトについて言及するか [hatena.ne.jp]
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:2, 参考になる)
実際にこういうプログラムに陥った事があるんだけど、
理由はマルチコアCPUとスレッドプログラミングの問題で、
排他処理がうまく行ってなくて、タイミングによって発生したりしなかったり.....
という状態だったかな。
この状況が発生したのは、CPUのシングルコア->マルチコア移行期で、シングルコアCPUなら全然問題ないんだけど、
マルチコアCPUだと不具合を起こす......ってな感じだったよ。
で、不要なプログラムなんだけど、そのプログラムがあるお陰で別スレッドで処理しているデータ処理の終了と、
現在動作しているスレッドのタイミングが合って正常に動作するけど、消すとタイミングが変わって不具合が発生してたよ。
こういう場合、たいていはSleep入れると動いたらしく、当時の担当者はSleep多用してたたけど、
何か修正するとタイミングがズレて不具合発生したりするんで、オレが引き継いだ時は大変だったよ。
そんな事があったから、オレはちゃんと他のスレッドで処理中か.....って確認するように修正したけどね。
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
その頃からセマフォとかmutexはWindowsにもU*ix系のOSにもあったような…(；´Д｀)
最低でもU*ix系だとプロセス間の排他ロックの機構ももってましたし(Windows方面は知らないけど多分ある）…
なので、Sleep云々というバッドノウハウで何とかするより、他の開発者と話をしてジョブスレッドとは関係ないところのスレッドでセマフォ設定してそこを取ってからデータ実体を叩いて貰いに行くように直してもらうのが王道だったのでは(；´Д｀)
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
すいません. FreeBSDの初期のICHサウンドドライバでmutex処理を省いていました. 当時はチップセット内蔵のサウンド機能を使うような機種だと, SMP構成なんてありえないだろうと考えていて, ドライバルーチンを抜けるまではスレッドを専有できるという前提でコードを組んでいました. mutex処理を入れることで, コードが見づらくなったり, 貧弱なCPUでオーバーヘッドがかかるのを嫌ったってこともありますが.
Re: (スコア:0)
よく読めよ。
> 当時の担当者はSleep多用してたたけど、
> 何か修正するとタイミングがズレて不具合発生したりするんで、オレが引き継いだ時は大変だったよ。
> そんな事があったから、オレはちゃんと他のスレッドで処理中か.....って確認するように修正したけどね。
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
それだと、単純ループの中のフラグでチェックするのもありになって、厄介ですよね。排他が不確実でもとりあえず動きますから。
なので最低限の問題解決にはなりますけど、複数のタスクを廻す物としてはあまりよろしくない。
たのむからmutexとか使って排他を確実にやるようにしてー（＞＜）と他の人達にお願いするのが必要でしょうと。
Re: (スコア:0)
まあ適材適所でしょう。
腕の悪いのがよく考えずmutexとかセマフォとかに頼ると
いとも簡単にデッドロック引き起こしてくれたり、
不必要なグローバルロックでスループット落としてくれたり。
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
文法不明なプログラミング言語みたいなもんなんじゃないかな。
実行もできる。
編集はできる。
ある編集操作を行うと実行不能になるけど、別の編集操作ではそうならない。
そもそも、人間が書くプログラミング言語みたいに、左から右へ、上から下へ読めばいい、ということでもないみたいだしね。
Re: (スコア:0)
機能は解明されていないってこと?
というコメントみたいだ。
なぜかわからないけど消すと動かないコメント
なんて霊的なものしかない。
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
1行コメントの最後の文字が「表」とかで、意図せず次の行が継続行になってしまったなんてバグもあってだな。
お祓いに行く前にもう少し冷静になろう
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:2)
それは、マルチプランのファイル名のことかぁ！
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
/*SJIS死ね//ここで表示可能にする*/
Re: (スコア:0)
コンパイラ・インタプリタのバグもあるよ。
Re: (スコア:0)
エディタのバグで、見えないゴミが入ってて、、、
Re:必要であるにもかかわらず (スコア:1)
自分がよくやるミスで、シェルスクリプトをWindows側で書いておいてunix側にFTPして、さあ動かそうとしたら #!/bin/sh^M って何？ とか怒られるやつ。まあ、vimでは見えるけど…
Re: (スコア:0)
なぜかわからないものはすべて霊的なもののしわざに違いない、というお考えでしょうか？
つまり、霊的なもの以外については全て理解してると？とてつもなく偉いお方ですね。
Re: (スコア:0)
なぜかわからないものはすべて霊的なもののしわざに違いない、というお考えでしょうか？
なぜかわからないけど消すと動かないコメントはすべて霊的なもののしわざち違いないというお考えです。
Re: (スコア:0)
命題
なぜかわからないけど消すと動かないコメント
なんて霊的なものしかない。
の真偽はおいといて
なぜかわからない AND 消すと動かないコメント ⇒ 霊的なもの
対偶は、
霊的なもの以外 ⇒ 分かる OR 消しても動くコメント（ドモルガン）
となりませんか？（あまり自信がない）
この場合、消しても動くコメントは理解していなくてもOK。
より詳しい人のフォロー希望。
Re: (スコア:0)
「わからないものはすべて霊的なもの」
ではなく
「霊的なものだからわからない」
なぜならわかった段階で霊的なものではなく科学的なものになってしまうから
Re: (スコア:0)
マジで言ってるのかネタで言ってるのかわかりませんが
消すと動かなくなるのはそのコメントの前後あたりにあるコードでしょ
Re: (スコア:0)
> 前後あたりにあるコードでしょ
Cとかだとそうとも限らんですね。
ポインタ周りのバグとか、領域外参照とかだと全てのコードが容疑者。
Re: (スコア:0)
マジで言ってるのかネタで言ってるのかわかりませんが
消すと動かなくなるのはそのコメントの前後あたりにあるコードでしょ
そんな当たり前すぎてつまらないツッコミは誰も求めていないから。
Re: (スコア:0)
おいおい、そんな普通に存在するもんなのかよ
俺見たら発狂するぞ…
Re: (スコア:0)
ファジングみたいなもんかね
Re: (スコア:0)
垢なしだからログインできないけど、無性にスコア入れたくなった。ｗ
そういうものでもないのカナ？ 評価としてはFBとかtwitterよりずっと前からあるのにね。
Re: (スコア:0)
あんたみたいのがノリで入れてスコア増減合戦にならないように、モデレート権は無作為に選出されるらしいよ
たとえ動作に関係なくても削除してはいけないものもあるぞ：な (スコア:3, おもしろおかしい)
Re:たとえ動作に関係なくても削除してはいけないものもあるぞ：な (スコア:1)
nihonLinux騒動とかあったなあ。
Re:たとえ動作に関係なくても削除してはいけないものもあるぞ：な (スコア:1)
Re: (スコア:0)
ジーン・マッパーですか?
なんつー頓珍漢なタイトル (スコア:2, 興味深い)
AFP日本だけか？
473個のゲノムってものすげえデカいじゃねーか。
と思ってしまったよ。
ゲノムと遺伝子を混同するようなタイトルは勘弁してよ
Re:なんつー頓珍漢なタイトル (スコア:2)
AFPのタイトルは「最小限のゲノムを持つ細菌を作製、ヒトゲノム解読の米科学者ら」で適切。
タレコミのタイトルが「最小限のゲノム473個しか待たない細菌を作製、但し約3分の2の遺伝子の機能はなお未解明」で不適切。ゲノム473個って多核体 [wikipedia.org]か？って思った。
そして、hylom氏によるタイトルが「最小限のゲノム473個しか待たない細菌を人工的に作成することに成功」で不適切な個所が増えてる。
何故、「作製」→「作成」？ 一般的には、文書類は作成で、物品類は作製のはず。
Re:なんつー頓珍漢なタイトル (スコア:1)
文書類が作成ってのは偏った意見ですね。
https://zh.wikisource.org/zh-hant/%E6%83%9F%E6%B3%B0%E5%85%83 [wikisource.org]
ただ泰元は尊く、媼神はさいわいをおおくす。天地を経緯(横糸・縦糸で編むこと)し、四時(四季)を作成す。
作家が文筆業に限らないように、なんでも作って完成させれば作成ですよ。文章に限られていたのはかなり限定的な時期だけで、今は再びどちらも作成を使うようになってきています。
作成と作製 (スコア:1)
＞文書類が作成ってのは偏った意見ですね。
そうですか？ 作成と作製の使い分けについての標準的な意見だと認識しています。
＞經緯天地 作成四時
同じ漢字だとしても言語が違えば言葉の使い方は異なります。現代の日本語での作成の使用例になっていません。
Re: (スコア:0)
じゃあ、これを見てください。
https://www3.e-reikinet.jp/iwate-ken/d1w_reiki/356909600278000000MH/35... [e-reikinet.jp]
1981年に、政府は法律用語の「作製」は「作成」にcollationすると明言しています。繰り返しますが、あなたの意見は古すぎるのです。温故知新は結構ですが、元々の中国の用例でも現代日本でも物を作るのは作成であって、それは文章に限定されません。現実を見てください。これが日本語ですよ。
で、この通達を真に受けて2000年に作成された法律が、「ヒトに関するクローン技術等の規制に関する法律」です。
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/H12/H12HO146.ht [e-gov.go.jp]
法令における作成と作製の使い分け (スコア:1)
＞https://www3.e-reikinet.jp/iwate-ken/d1w_reiki/356909600278000000MH/356909600278000000MH/356909600278000000MH_j.html
＞1981年に、政府は法律用語の「作製」は「作成」にcollationすると明言しています。
ご提示されたのは岩手県の通知であって、日本政府のものではありません。
岩手県が参考にした1981年の政府の通知「法令における漢字使用等について（内閣法制局 昭和56年10月1日）」 [h-chosonkai.gr.jp]によれば確かに「作製」の使用を止めて「作成」に統一するとなっておりましたが、これは法律用語における基準であって一般社会における基準ではありません。
そして、そもそもこの通知・基準は2010年11月30日に廃止されて、現在では次のように改定されています。
つまり、一度はある意味「作製」を言葉狩りして「作成」に統一してみたものの、法律用語とは言え一般社会における基準から乖離していると不都合もあったのか、現在では政府の法律用語における「作成」と「作製」の使い分けに関する見解は三省堂や小学館などとほぼ同じになっているのです。
＞繰り返しますが、あなたの意見は古すぎるのです。
いいえ、あなたの示した見解の根拠の方が古い上に廃止済みのものです。
＞で、この通達を真に受けて2000年に作成された法律が、「ヒトに関するクローン技術等の規制に関する法律」です。
＞法律用語でも生命科学的なプロデュースは「作成」ないし「生成」なんですよ。
2000年当時は1981年の古い通知が有効だったのですから法律用語では「作製」を使わずに「作成」を使うのは当然です。
Re:法令における作成と作製の使い分け (スコア:1)
なるほど、確かに今は法令でも｢作製｣が使われていますね。
○食品表示基準2条1項14号(20015年)
｢…ＤＮＡをつなぎ合わせた組換えＤＮＡを作製し…｣
○再生医療等の安全性の確保等に関する法律施行令1条3号(2014年)
｢…当該胚性幹細胞から作製された人の精子若しくは未受精卵…｣
○再生医療等の安全性の確保等に関する法律施行規則1条5号(2014年)
｢…当該受精胚を作製する人の精子…｣
他方、以下のようなものがあります。チョンボかもしれません。
○再生医療等の安全性の確保等に関する法律施行規則7条11号イ(2014年)
｢…生殖補助医療に用いる目的で作成された受精胚…｣
○復興庁設置法4条2項3号(2011年)
｢…実施計画に関する書類の作製を含め執行させること…｣
○平成二十二年度予算に係る歳入歳出等の見積書類の送付期限の特例を定める政令(2009年)
｢…に関する書類のうち…に基づいて作製される部分…｣
Re: (スコア:0)
法律云々は別にして、現状でバイオ業界で、「サンプル調製」して「作製」してるのに、
「作成」を持ちだされても、机上で遊んでるとしか思えません。
「サンプル調成」なる新しい用語を生み出せとでも？
文化庁も書類などは「作成」で品物などは「作製」と使い分け (スコア:1)
他にも突っ込みどころが多いので、数回に分けて書きますね。
＞ネット上の権威主義者ほど無知蒙昧な人種はいませんよ。
これはあなたのことですかね。政府や文化庁といったお上を権威だと信じてそれに縋ろうとしているようにお見受けします。だから民間企業が発行する辞書は信じないというわけですか？
もっとも政府(内閣法制局)も文化庁もあなたの意見を否定していますけどね。
＞ネット検索して辞書に書いてあったから？その辞書はいつできたんですか？
ネット検索しなくても辞書（書籍版やDVD版）は引けますし、発行日も記載されていますからいつできたか分かりますよ。例えば広辞苑の場合なら。
＞文化庁国語科の見解は以下です。
＞「作成」はかつて「作製（品物・図面・印刷物を作る）」と区別して、「書類・文書などを作る」意として用いられてきたが、現在では「作製」の使用頻度が落ちて、すべて「作成」と書く傾向にある。
いいえ、それは文化庁の見解ではありません。
ググったところ一字一句違わない文章がYahoo!知恵袋にありました。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q119353456 [yahoo.co.jp]
出典は文化庁の「『ことば』シリーズ35」となっていますね。
ネット検索して知恵袋に書いてあったから、それを信じたのですか？
残念ながらこの文章は書籍からの引用文ではなく知恵袋回答者による要約文です。
オリジナルの文化庁の文章を一部引用します。
あなたがあげた文章はこの文化庁の文章を要約したもののようですが、結論が抜け落ちていましたね。
文化庁の結論は、私が先にあげた国語辞典や新聞用語集を根拠に「作成」と「作製」を使い分けた方が良いとのことです。
「電子計算機による新聞語彙調査」の結果は単に新聞での「作製」の使用回数が少ないことを示しているだけで、物品類についても「作成」を使っているなどとは言っていません。新聞だから紙面の話題が物品類より文書類が多いというだけかもしれません。
孫引きは気を付けないと恥を掻きますよ。
タイトルには不適切箇所が3つ (スコア:1)
続き。
＞でも、半世紀前は表や資料をまとめたものは「作成」ではなく、「作製」の方が多かったんです。
えぇ、それくらい昔の時代の話であれば、確かに法令においても書類や帳簿を作る場合は「作成」ではなくむしろ「作製」を用いていました。
そして、1981年の通知「法令における漢字使用等について」によって「作製」を止めて「作成」に統一し、2010年には物品を作る場合のみ「作製」でそれ以外の書類や帳簿などは「作成」と法令においても一般社会と同様に使い分けをするようになっています。
＞報告書でも印刷物は「作製」で原稿は「作成」でした。
報告書について、原稿(文書類)を「作成」、印刷物(物品類)を「作製」とするのは現行の使い分け方です。
＞あと、日本語からみて中国語は外国語ですが、漢文はそうじゃありません。で、先に引用されているのは漢詩(といっても時代は漢よりは後でしょうが)なので、我々が漢字を使っている以上、用例を無視することはできませんよ。
語源という意味では十分に参考になるでしょう。
＞文科省的にも漢文は国語のカリキュラムですからね。そして、意味が変われば後付けの方が正しくなることはあっても、先例の方が間違いになるなんてことはありえません。漢文の意味は現代日本語においても全て正しいものです。
いいえ、先例が間違いになることも普通にあります。それが言葉の変化というものです。国語で古文や漢文を学習してそれを痛感しませんでしたか？
＞それが後方互換性というものでしょう。
人工的なコンピュータ言語でさえバージョンアップ時に後方互換性がないことがあるのに、自然言語に時代や場所を超えた後方互換性の保証なんてありません。
＞あなたの「標準」についてですけれど、今の時代、様々な意味の「作成」を目にする機会がないとは言わせませんよ。
えぇ、今の時代、多くの人々は「作成」と「作製」について国語辞書等が示す標準的な使い分け方に従っています。学生時代に国語の授業で習う人も多いでしょうし、社会人になってから（特に新聞・放送・出版業界などは）研修で習う人もいるでしょう。
＞現にスラドにもこう書かれているじゃないですか。
使い分けを間違える人もいるということです。
＞それをこうやって頭から間違っていると決めつけて無視してきたから、あなたの中だけで偏った標準ができたんじゃないですか？
あなたから見て偏っていても気にしませんが、私の見解は国語辞書や文化庁と同一ですから、使い分けの標準が私の中だけにあるというのは間違いですね。
＞「作成」は文章のみに用いられるという誤った認識を再拡散させることに何の意味があるんですか？
あなたの作るものは全て「作成」で良いという誤った認識が拡散しないように、文書類は「作成」で物品類は「作製」という適切な使い分け方を根拠と共にコメントする次第です。
＞この件に関しては小学館も新聞協会もそれを孫引きする有象無象も全て間違っています。
小学館(大辞泉)も新聞協会(新聞用語集)も間違っているなら、それと同意見の岩波書店(広辞苑)も三省堂(大辞林)もマイクロソフトも文化庁も内閣法制局も間違ってるとあなたは主張するのですね。
＞ちゃんと調べればそれらが(おそらくは単独の起源を持つ)誤りだということはすぐにわかるはずですよ。
ちゃんと調べたところ、あなたの現代日本語においては物品類にも「作成」を使うという意見はおそらくはYahoo!知恵袋を単独の起源に持つ誤りだとちょっと時間掛かりましたがわかりました。
＞文化庁が人数を割いた研究をして成果を報告しているわけですから。
その文化庁が文書類は「作成」、物品類は「作製」と適切に使い分けた方が良いと言っているのですが。
＞私は必ずしも言葉狩りを否定しませんけど、錯誤に塗れた揚げ足取りは本当に害悪でしかありません。
適切な指摘を揚げ足取りだと中傷したり、錯誤に塗れた見解を「コソコソと匿名の臆病者として投稿」するためのAnonymous Cowardなのでしょうか？
最後にタイトル「最小限のゲノム473個しか待たない細菌を人工的に作成することに成功」のどこが不適切か明示しておきます。
・1つ目：×「ゲノム473個」→○「ゲノム」または「遺伝子473個」
この件では1つのゲノム＝473個の遺伝子。
・2つ目：×「待たない」(またない)→○「持たない」（もたない）
タレコミの時点で「待たない」になっている。
・3つ目：×「作成」→○「作製」
以上。
Re: (スコア:0)
厳密に論文のタイトルに従うなら、「最小細菌ゲノムの設計および合成」だからなんとも。
論文内ではproduceを使ってるのかな。
この科学ニュースサイト [sciencedaily.com]だとcreationか。
どうせビミョーにズレてるんだから、わざわざ持って回った言い方をせずに「作った」でいいと思うけれどね。
Re: (スコア:0)
何故、「作製」→「作成」？ 一般的には、文書類は作成で、物品類は作製のはず。
エディッターから見れば、ゲノムの相当量を為すDNA（& RNA）って、核酸文字で記述された、編集可能なマシン語ファイルだか、ラダー図みたいな物、つまり文書じゃないの？
Re:なんつー頓珍漢なタイトル (スコア:1)
＞エディッターから見れば、ゲノムの相当量を為すDNA（& RNA）って、核酸文字で記述された、編集可能なマシン語ファイルだか、ラダー図みたいな物、つまり文書じゃないの？
それは論文タイトル「Design and synthesis of a minimal bacterial genome」のdesign(設計)に相当する部分でその意味ではゲノムを作成と言えるかもしれませんが、ゲノムをsynthesis(合成)する部分は作製ですね。今回の話は単に設計しただけでなく実際に合成したことに価値があるのでしょうし。
マシン語ファイルの話で言えば、作成したマシン語ファイルをCD-Rに焼くのは作製。
若気の至り (スコア:1)
Ａ「ワシが若い頃に作りだしたＰＣ内で自動増殖する人工生命体は５１２バイト以下で世界中で話題になったのじゃ。」
Ｂ「お巡りさん。こいつです。」
この成功が (スコア:0)
人類の終わりの始まりであることに、まだ人々は気付いていないのであった。
幼年期の終わり (スコア:0)
現人類の終わりであり、新人類の始まりかもしれない。
Re: (スコア:0)
新人類は管理職になると器が小さすぎてだめなのよ。
今うちの組織、苦労しているよ。
待たない (スコア:0)
もう少し増えるのを待っても良かったのではないか（台無し
暗い音のない世界でひとつの細胞が (スコア:0)
分かれて増えていったりする？
#「早く人間になりたい」
#「わたしは貝になりたい」
#「海賊王に俺はなる」