がん細胞のゲノム解読に成功

capra 曰く、

米ワシントン大学の研究チームが人のがん細胞のゲノム解読に成功した（読売新聞、Science News、本家記事）。チームが解読したのは白血病の女性患者のがん化した細胞で、正常な細胞のゲノムも解読し比較した。がん細胞の全遺伝情報の解読は初めてだが、女性のゲノムが解読されたのも初めてとなる。論文はNatureの11月6日号に掲載されている（論文要旨）。
この号のNatureにはほかにもアフリカ人とアジア人のゲノム解読（どちらも初めて）に関する論文が掲載されているが、これら３つのゲノム解読はすべてイルミナ社の次世代ゲノムシーケンス解析プラットフォームであるゲノム・アナライザーを使って行われたとのことである。

おふとぴ

[manmos (29892)]

「善意電子情報」ああ、「全遺伝子情報」ね。

一瞬、水だけじゃなくて、電子まで『ありがとう』って言うのかと思った。

＃言わない言わない。

女性初とな

[Mochimasa (31796)]

このタレコミのライデン大学のグループは先越されちゃったってことですか。
http://srad.jp/science/article.pl?sid=08/05/27/2242239 [srad.jp]

Re:女性初とな

[kaho (2741)]

アジア人のゲノムも読まれていたはずと思ったのですが，（Nature Web News [nature.com]，論文要旨 [nih.gov]），
去年の報告は全ゲノムではなかった様ですね．こっちはグループも違いますし，先を越されてしまったのでしょうか．

女性の方は初めてというわけではないと思います．というか，どこにそう書かれているか見つけられなかったのですが．

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kaho

Re:女性初とな

[kaho (2741)]

自己フォローで．Science Newsの方に書いてありました．多分この記事が間違っているかと思います．
それだけではあんまりなので今回の研究について私の解釈を述べてお茶を濁そうかと．

この研究でAMLのゲノムを対象としたのは，多くの場合生検で取得した腫瘍細胞では染色体同士が
結合したり多核化したりとゲノム解読が難しい状態にあります．特に短い配列を解読して既知の
ゲノム配列と比較することで全ゲノム解読を行うre-sequencing（今回の報告も含む）では
解読ができていないのかその部分の染色体が存在しないのか，また読めていても同じ配列が細胞に
何カ所あるのか，ということが分かりません．
更に困ることに，この場合，何らかの原因で核や染色体に異常が起きたことがガン化の原因であって
DNAの変異は従属した現象なのではないかという疑問も湧いてしまいます．

AMLはガン化の比較的早い段階で細胞を取得することが可能で，この研究においてもまず細胞の
様子を顕微鏡で観察して染色体に目立った異常がないことを確認しています．
この性質からAMLが今回のテーマに最適なサンプルであったと言えます．

次に結果については，１０の遺伝子でアミノ酸配列が変化する変異をみつけ，そのうち２つが既知の
ガン化プロセスに関わる遺伝子，他の８つは新規の遺伝子でした．
これらが本当にAMLの原因となる遺伝子かどうかはこれからの実験によりますが，遺伝学的な方法で
感受性遺伝子を探す方法と比較すると，８つもの明らかな変異を探したという結果に対しては時間も
コストも従来よりもかからずにすんだということが大きなトピックになります．

また，この結果を見ての私の個人的な感想では，１０個の変異があれば，そのうち数個は２本ある
染色体でガン細胞特有の同じ配列になっている（ヘテロ接合が失われる）のではないかと予想して
いましたが，全て１本の染色体だけで変異が観測されています．

これらの結果は，染色体の状態異常ではなく，DNA配列の変異がガン化の原因であるという立場を
強めるものだと考えられます．
もし今回発見された変異を通常の白血球に導入して実際にガン化するという結果が得られれば，
ガン化のメカニズムや治療法についても様々な知見をもたらすでしょうし，re-sequencingが疾患解析に
強力なツールであることの証明になると思います．

--
kaho

Re:女性初とな

[the.ACount (31144)]

がん細胞を正常細胞に戻した例もあるから、DNA変異だけが原因じゃないでしょ。

--
the.ACount

白血病

[flutist (16098)]

白血病にも相当いろいろなバリエーションがありますが、論文要旨によると acute myeloid leukaemia 急性骨髄性白血病ですね。

どの遺伝子がどの程度働いているかは、癌の種類やら個人差やら癌進行のステージやらで非常に大きく異なりますが、それが遺伝子配列そのものが違っているからなのか、それとも miRNA とかでの発現制御によるものなのか、見当がつきやすくする方法を示した、という意味ですかね、この研究。

そのうち

[Anonymous Coward]

全ての細胞が解析され、脳が電脳化する。

Re:

[Anonymous Coward]

アニメばっかり見ていないで、少しはそういう未来の実現に貢献できる人間になれるよう勉強しなさい。

Re:そのうち

[Lv5DeathMarch (30244)]

攻殻やRDの世界観に萌えを感じることのできない人間に、一体何が実現できるというのか。

--
Lv5以下の社員全員にデスマーチ！

Re:そのうち

[Anonymous Coward]

感じたからって出来る人というわけではありませんね。

解読

[Anonymous Coward]

解読って何をすること?

Re:解読

[Mochimasa (31796)]

この場合の解読というのはatgcからなるゲノムの配列がすべて分かったということです。
考古学に例えると石版を発掘してそこに書かれた文字をすべて紙に書き写したという状態で、
中に何が書かれているかを「解読」した段階までは指しません。

Re:解読

[ban.bokuto (37027)]

塩基配列と遺伝子の関係は、CDと音楽に似ています。

物質として実際に存在する塩基配列はCDのピット（小孔）に相当し、ATCGの4進法で記述されています。
その上に情報として書き込まれている遺伝子はCDの中身である音楽にあたります。
CD（塩基配列）は直接手にしたり目で確認できたりしますが、音楽（遺伝子）はできません。

ヒトの塩基配列はおよそ30億で、これは4³⁰bitの記憶容量をもちますが、
ゲノムの解読とはこの文字列をすべて読み込んだことを意味します。
近年は解析装置が非常によくできているため素人でも手軽に作業ができ、
自分も大学2年のときに教官の言われるがままに実験をすすめ、自分が扱った大腸菌の塩基配列の解析結果を渡されました。

一方の遺伝子は「発現すると形質になんらかの影響を与える情報」で、
ヒトには1万から30万の遺伝子があるといわれています（研究者によって数字は違う）。
ひとつの遺伝子には数百から数千の塩基配列が必要で、その始めと終わりにはHTMLのようなわかりやすいマークアップがされています。

現在は研究基盤としての塩基配列のデータベースが整備された、といったあたりで
最先端の研究では「どの情報がなんの遺伝子なのかを突き止めること」に全力を降り注いでいます。
宝の地図が世界中に公表された状態なので、みな半狂乱で「ガンの治療法」や「不老不死の可能性」という宝を探していますが
いかんせん地図が広大過ぎるので従来の方法ではうまくいっていません。

ただ、(グリッド|分散)コンピューティングのような力業が手軽に利用可能になったので、
そう遠くない将来にいろいろとみつかるのかもしれません。
ヒトゲノム計画もコンピュータの予想外の進歩で、予定より2年も早く完成した経緯があります。

Re:

[Anonymous Coward]

＞ヒトの塩基配列はおよそ30億で、これは4³⁰bitの記憶容量をもちますが、

あれ？4³⁰bit
4値(2bit)の情報が、30億(3x10⁹)あるわけですよね？
2 x 3 x 10⁹ bit 位に落ち着きませんか？

# 60GB ? これなら何とかなりそうですね。

Re:解読

[Anonymous Coward]

60GB ではないです。60Gb と表記してください。
# B ですと Byte、b ですと bit ですので。

60Gb って 715MB... CD-ROM 一枚分...

Re:

[Anonymous Coward]

60GBだと大腸菌 [nothing.sh]レベルですからね

Re:

[Anonymous Coward]

>ヒトには1万から30万の遺伝子があるといわれています（研究者によって数字は違う）。

　30万といってた人は、昔でもいないでしょう。
　ぼくの記憶では、ヒトゲノム計画がはじまったころの予測だと、せいぜい10万位でした。
　いま、２万数千くらいか、もっと少ないくらいでしょう。

中村(show)

Re:

[Anonymous Coward]

解きほぐして読む

どんどん解読が進んでいく

[Anonymous Coward]

身近にガンで他界された人が多く、こうした研究成果が出る度にガン治療に於ける特効薬の開発につながってくれればと願うばかりです。

Re:どんどん解読が進んでいく

[Anonymous Coward]

白血病はガン細胞の採取が容易なため、遺伝子レベルでの研究がもっとも進んでいるガンで、
グリベックのように、Ph+のガン(主に慢性骨髄性白血病)に特異的に効く薬はすでに存在します。

しかし白血病にも幾種類もありますし、まして固形ガンはまだ時間がかかりそうです。

Re:

[Anonymous Coward]

でも死んだ人間は生き返らない

トレースに成功...というほうが、正確じゃね?(T/O)

[Anonymous Coward]

解読ってーと-包含情報を引き出したように思えるので。