サイエンスライターの片瀬久美子氏が、メタゲノム解析によってEM菌の構成微生物を調べた結果をnoteで発表している。

これによると、EM菌（微生物資材EM1）の主要構成微生物は乳酸菌、酢酸菌、酵母、糸状菌だったとのこと。また、EM菌開発者はEM1について光合成細菌を含んでいると主張しているが、これは検出されたなかったという。さらに、含まれていた乳酸菌の種類についてもEM菌開発者の主張とは異なる種類が検出されたとのこと。

なお、過去にとある学会がEM菌に関する研究報告を行った際、その研究者らに対し「EM側と敵対していた団体から研究費を寄付されていた」との批判が出ていたことから、この調査に関する費用（約70万円）はすべて片瀬氏が自腹を切って支払ったという。