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バイオテック

新型コロナウイルスのデルタ株でゲノムの誤り検出訂正が性能劣化、第5波収束の一因か 94

ストーリー by nagazou
アジアでも増加してる国はあるからなあ 部門より
COVID-19の第5波がなぜ収束したかについてはスラドでも議論になったが、その原因についての研究結果を国立遺伝学研究所と新潟大のチームが発表した(共同通信zakzak)。

発表された研究結果は第5波の原因となったデルタ株でゲノム(全遺伝情報)の変異を修復する酵素が変化、それにより修復が追いつかず死滅したのではないかとするものだ。該当する酵素は「nsp14」。人間の体内でウイルスに変異を起こして破壊する「APOBEC」という酵素がnsp14を変化させたと推測しているという。とくに東アジアやオセアニアではこの酵素が活発な人が多いとしている。
この議論は賞味期限が切れたので、アーカイブ化されています。 新たにコメントを付けることはできません。
  • 登場したもののデルタ株に感染力で負けているワクチン耐性株の報道を複数見かけるので、デルタ株が消えると耐性株が伸してきそうな気がしますが、ワクチンとマスクがあれば防御力十分でどんな株でも収束してしまうということなのかな。不思議。

    • by Anonymous Coward

      ワクチン耐性株(ミュー株?)って、国内でそれなりの数でてましたっけ?
      感染者が指数関数的に増えるのであれば、一定数に達しないと増加は見えづらく、
      その結果、今の感染者が減っているように見えるということはないでしょうか?

    • by Anonymous Coward

      蟹株と魚株が出るまで粘れなかったのか。

  • by hinatan (24342) on 2021年11月04日 18時19分 (#4145831)

    ちゃんと特定できたら、天然ワクチンとして輸出できるんかいな。

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 18時50分 (#4145861)

    元WHO専門委員の左門新氏の見解 [nikkan-gendai.com]。

    遺伝学研究所が言うように、第5波収束の原因は酵素の変化が多少関係しているとも考えられます。ただ、それが大きな原因とは言えず、死滅はあくまでも推測にすぎない

    • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 23時29分 (#4146036)

      別ツリーによると学会発表レベルで論文も出ていない段階な訳で、
      第三者が検証して否定できる事象を見つけられない確度どころか、
      第三者が査読して論理展開等に不具合がないと確認すらされてないのに
      報道できるレベルの情報なんですかね?

      # 専門的知識が必要な情報を報道して、それが間違っていた場合、
      # 知識を持っていなかった読者の責任になるのか、
      # 知識を持っていない人間にも理解できるように発表・論文作成しなかった研究者の責任になるのか

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      まぁ小さな原因にはなってるだろうけど、大きな原因じゃないだろうね。

      変異が蓄積して死滅っても多様な変異があったというわけじゃないし、不利なら広まらない可能性のある酵素変異株の感染は広まっていたわけだし、一斉に減少する説明はできない。

      #太陽のコロナ活動が活発になって太陽風で地上に降る宇宙線が増えて、結果として一斉に変異したから感受性の高い日本の株が一気に減ったなんてSFチックな流れだったら面白かった

  • by Bill Hates (2038) on 2021年11月04日 20時27分 (#4145947) 日記

    アジアの国の場合は人口の多くが先住民族系ですが、ウィキペディアによればオセアニアの人口は41,570,842 (2018年) [wikipedia.org]だそうで、その中ではオーストラリア(約2,550万人)とニュージーランド(約500万人)の遺伝的にはイギリス人と大差ないほぼアングロ・サクソン人の割合が多い(ウィキペディアによるとオーストラリア人の8割が白人 [wikipedia.org]、ニュージーランドではヨーロッパ系74.0% [wikipedia.org]とのことなので2,040万人+370万人で2,400万人ほど?)のでは?オーストラリアとニュージーランドではアジア系移民がそこそこいるようなのですが、それらの人々は東アジアに含んでしまって、「東アジアとオセアニアの先住民族」と記述するのがよろしいような。

    残りの約1,750万人のうち900万人弱がパプアニューギニア人らしいので、アングロ・サクソン人でもパプアニューギニアでもない人は、アジアなどからの移民を含めても900万人もいない模様。

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 21時27分 (#4145975)

    あくまでも「日本国内のデルタ株」なので。
    調子に乗って「春節の皆様熱烈歓迎」と同じようなことやったらμ株とかで地獄になるのは目に見えてる。

    どうしても入国規制を緩めたい向きがあるようだが、そんな売国奴の名前はきちんと晒して国民の審判に掛けねばならない。

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 17時38分 (#4145792)
    とは言うものの、元論文やプレスリリースが一向に見つからないのですが、発見した人います?
    • Re:発表した (スコア:3, 参考になる)

      by Anonymous Coward on 2021年11月04日 21時11分 (#4145972)

      論文は出てないようです。 [npn.co.jp]

      そこでスタジオで解説されたのが、感染者激減の理由。国立遺伝学研究所と新潟大学が学会で発表した“仮説”によると、感染拡大を招いたデルタ株が自ら死滅したのではないかというのだ。増殖に関わる重要な酵素である「nsp14」がうまく増殖できなかったらしい。ちなみに、これはまだ論文にしておらず、これから仮説を証明していこうという段階だ。

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      10/14-16にあった学会 [jshg-jsgdt2021.org]で、それらしき発表はしていそう
      (タイトルのみで、概要は記載されていないため、あくまで推測)ですが、
      30日までにまとめたというなにかは見つけられませんでした。

    • by Anonymous Coward

      チームは、人間の体内でウイルスに変異を起こして壊す「APOBEC」という酵素がnsp14を変化させたと推測。東アジアやオセアニアではこの酵素の働きが特に活発な人が多いという。

      新潟大学の関係者がいないけれど。
      日本人類遺伝学会 Oral English Session [jshg-jsgdt2021.org]
      OE12-2 COVID-19パンデミックにおけるファクターXの解明へのAPOBEC3遺伝子の進化学的解析からのアプローチ
      Searching for signals of natural selection on the APOBEC3A/B dele

    • by Anonymous Coward

      これだけ話題になっているのに、
      新潟大学のウェブサイト、新潟大学医学部、歯学部、理学部、工学部、脳研究所等のウェブサイトを見ても一言も記載がなく、
      更に報道では、新潟大学の研究チームどころか、どこの学部かさえも記載がない。
      どうなっているのでしょう。

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 17時40分 (#4145795)

    仮説に仮説を重ねることになっちゃうし、あくまで「複数の原因の一つ」の話なんだけど
    やっぱり「感染力を強めた」せいで「株としては安定性を損なった」というある種のバランスが働いてしまったのかな

    ○○耐性菌とかの話でも聞くよね
    ○○耐性菌ってのはその○○存在下では生き残るわけだけど、そうでない場面では不要な機能にリソースを振った存在なので、非耐性菌の方が生存に優勢だったりする
    (「優性」じゃないよ)

    • by Anonymous Coward

      「感染力」ではなくて「変異性」か「安定性」の要素になるんじゃないかな
      ウイルスの増殖過程では数限りない変異が繰り返され、その中である程度増殖する事ができたものが主流になるわけだから、稀有なバランスで感染力と安定性を持った株も可能性としては出てきちゃうだろうね
      ただその場合は変異性が低いだろうから対策されたら滅んでいく

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 17時45分 (#4145801)

    政府はまたインバウンド利権チューチューの為に、新鮮なデルタ株をばらまくつもりのようで。

    新規入国、水際対策を緩和 ビジネス目的なら待機3日に
    https://www.nikkei.com/article/DGXZQOUA313C30R31C21A0000000/ [nikkei.com]

    オリンピックの時にも緩和、さらに緩和。オリンピックの時期にどんだけ感染者ふえたのかもう忘れたようで。
    五輪関係の入国者ででた感染者は総数でなく人口比でいえば第5波真っ最中の東京の倍以上だったってのに。

    • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 19時20分 (#4145894)

      このツリー、批判が多いけどその通りじゃね?
      日本で突然変異が起きて死滅しても、海外から補充されたら元通りだと考えるのは至極当たり前だと思うんだが……

      だからこそ、ずっと感染対策は続けるべきだと思う

      親コメント
      • by Anonymous Coward

        「施してくれない政治」に対する恨み節はマイナス安定よ
        治安悪くなるし

      • by Anonymous Coward

        #4145801の考え方でコロナウィルスが解決するなら与野党全員一致で経済活動停止してますよ。

    • by Anonymous Coward

      お、攘夷派かな?頑張れよ

    • by Anonymous Coward

      そうですね

    • by Anonymous Coward

      「オリンピックの時期」と微妙に表現をぼやかしてるのが笑える。
      オリンピック開催中は感染者が減っていたことからは目を逸らしたいんですね。

      • by Anonymous Coward

        おかしいな。オリンピック終了から二週間くらいで増加が鈍り始めたからやっぱりなーと思ったんだけどな。

      • by Anonymous Coward

        オリンピック開催中は感染者が減っていた

        えーと、感染者数ではなく、感染日ベースの実効再生産数が減っていった件かな?

        五輪開会式前日の7/22に実効再生産数が最大になり、五輪期間中に低下し続け
        た結果、8月中旬に実効再生産数が1.0未満になったと。
        で、新規感染者数がピークアウト。

        皆が知りたがっているのが、五輪開会式以降に実効再生算数が低下し続けた原
        因なのだが、残念ながら多くの人が納得できる様な結論はまだ出ていない。

        • by Anonymous Coward

          すまん。URLを入れ忘れた。下記のPDFのp.2ね。
          https://www.bousai.metro.tokyo.lg.jp/_res/projects/default_project/_pa... [tokyo.lg.jp]

          で、見直したら、実効再生産数のピークは7/21で、開会式前々日だった。さらにすまん。

          • by Anonymous Coward

            これ統計として意味あるものか?
            ほぼぴったりオリンピックのスケジュールに合わせて減少するってのは人為的な操作がないと起こらないだろ。

            • by Anonymous Coward

              グラフで、7月中旬以前の線が太くなっているのは、新規感染者が少ないことに
              より統計的誤差が大きいことを表してる。
              で、問題の7月中旬以降は新規感染者が増えて誤差が減り、線が細くなってる。

              このグラフの引用元は、9/16の厚生労働省アドバイザリーボードで、国立感染
              症研究所が出した資料。
              https://www.mhlw.go.jp/content/10900000/000833567.pdf [mhlw.go.jp]

              疑うのであれば、自分で実効再生産数を計算して確認すればいい。日々の新規
              感染者数のデータは公開されているんだから。

            • by Anonymous Coward

              感染って、人の行動の結果だからね〜。たしかに人為的といえば人為的だ。

              #英国がメルクの新型コロナの飲み薬「モルヌピラビル」を承認!
              #さて日本が承認するのは何日後か?

    • by Anonymous Coward

      オリンピックで東京株発生する!
      とかいっていたら、ゲノムの誤り検出訂正が性能劣化した東京株が発生した今日この頃

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 18時28分 (#4145837)

    ワクチン接種が先行してたイスラエルやイギリスは、春にワクチン効果で感染者が大きく減った
    なおいまはワクチン効果切れでまた感染者が大きく増えてるけどね

    • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 19時44分 (#4145915)

      いやまて
      まさか5Gのカバー率が関係していNo Carrier

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      接種の始まりによって「今まさにワクチンが必要な状態だから、気を付けよう」という気運が高まり、
      接種の広がりによって「ワクチン打ったから、もうマスクや手洗いは要らない」という油断が広がり、
      接種の鈍化にともない「もうワクチンなんて要らないさ、悪夢は終わったんだ」という誤解をする。

      ワクチンで集団免疫が達成されたエビデンスを知りたいな

    • by Anonymous Coward

      それと日本は少子高齢化で、ワクチンが打てない12歳未満の人口が少ないという強みが!
      #イスラエルの人口ピラミッドは日本と違ってピラミッド型なんだぞ。

      未接種者の間で感染が広まってるわけだから、若者が少ないというのは
      (現時点では)感染を抑えこむのに有利に働いている。近いうちに5-11歳
      接種も開始される予定だが、その後にこれがどう転ぶか見物である。

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 18時41分 (#4145849)

    エアコンつかっている冬と夏がダメで
    エアコンつかっていない春と秋は収まる説

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 19時52分 (#4145919)

    ウイルスの立場からするとAPOBECって結構えぐいね。

    それにしても、nsp14がnsp14モドキになった方が多数派になる仕組みが分からない。(数日前の記事 [yahoo.co.jp]で8月下旬のピーク前にはモドキに置き換わっていたというのを読んだ。)
    nsp14に比べてnsp14モドキの方が作成コストが低いとか?
    ある種のAPOBECを持っている人が多数派の集団で、APOBECを持っている感染者の体内ではほとんどnsp14モドキ派ウイルスしか生まれてこないからか?

    HIVなんかは回避 [wikipedia.org]してるようだけど。そもそもAPOBECって体内にウイルスが長期間滞在できないようにする仕組みの一部なんだろうかね。

    仮説段階では何とも言えないけど、APOBECというものが集団免疫に効果がある可能性は興味深い。でもこれを応用して治療薬作っても即効性はないだろうなぁ。集団免疫薬っていう新しい薬ができる?

  • by Anonymous Coward on 2021年11月04日 22時31分 (#4146004)

    ロックダウンしないと減らないと言った手前、ウイルスが自滅したことにしないといけない
    ワクチン?
    3回目打つって時にワクチンで減ったなんて言えないだろ
    ワクチンで減ったんなら3回目いらないじゃんと言われちゃう

    • by Anonymous Coward

      ワクチンは有効だが効果永続じゃないとわかった。
      その有効期間を伸ばすために3回目がいるって話だと思うんですけど……

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